由健康小屋的發起初衷，慢性病防治和健康生活觀念養成是其主要目的，因此，必須建立完善的健康檔案管理系統，來跟蹤居民的生理狀況走向并給出相應的建議和措施，以達到防患于未然而非被動治病的目的。同時，居民的健康檔案作為其個人在各級醫療機構就診治療時的重要資料，對醫生在診斷病情時有很大的幫助。要達到以上目的，必須確保已經實現了電子健康檔案標準化這一前提，因為只有保證了電子健康檔案的標準化，才能實現這些健康信息在不同組織機構間的大范圍傳播和共享。
我國早在2009年就頒布了《健康檔案基本架構與數據標準》，用以指導建立全國統一的、標準化的居民健康檔案，但是現階段，不同地區、不同機構各自所采用的系統中，健康檔案的實現仍然不盡相同，因此，行業內應盡快統一健康檔案標準，并將該數據標準納入健康小屋系統之中。
